Здравствуйте.
При правильном и своевременном оформлении документов каких-то особых рисков нет. Риски могут возникать, если у Вас будут личные устные договоренности, не подкрепленные документами. Если вопрос решается «на доверии», договоренность не фиксируется и не оформляется документально, доказать что-либо потом может быть довольно сложно.
Наличие расчетного счета не имеет значения при реализации юрлица. Расчетный счет закреплен за ООО, при смене собственника предприятия расчетный счет так и будет за тем же ООО, никуда его переоформлять не надо. Однако, в банк надо будет предоставлять новые документы в связи со сменой директора, а затем и собственника.
При смене директора (при назначении нового) данные в банке нужно будет поменять, заменить образец подписи. После назначения нового директора подписывать документы от имени юрлица будет новый директор. Новый директор будет перечислять платежи и подписывать платежные документы. Здесь нужно учитывать, что новый директор сможет перечислять средства со счета самостоятельно.
В описываемой Вами схеме будет происходить не продажа предприятия, а продажа доли или выход участника (ст. 21 или 26 ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», ст. 93 Гражданского кодекса РФ — «Переход доли в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью к другому лицу» ).
Продажа предприятия как целого имущественного комплекса регулируется ст. 559 ГК РФ (договор продажи предприятия). Возможно, Вам может подойти этот вариант.