Может ли подрядчик направить заказчику протокол разногласий?

Добрый день.

Если договор уже действует на определенных условиях, то для того, чтобы эти условия изменить следует направить заказчику предложение об изменении условий договора.

По общему правилу, изложенному в п. 1 ст. 450 ГК РФ

Изменение и расторжение договора возможны по соглашению сторон, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, другими законами или договором.

Если вторая сторона не будет согласна на внесение каких-либо изменений в договор, то требовать изменения можно только в суде и только при условии существенного нарушений договора второй стороной.