Каким образом можно оспорить штрафы по 44 ФЗ?

Контракт заключен по ФЗ44. Заказчик начислил штраф за просрочку. В претензии сказано: При отсутствии со стороны Поставщика возражений, указанных в п. 8.13 контракта, оплата по контракту будет произведена за вычетом начисленной пени, в соответствии с п. 8.14 контракта. В п.8.13.ГК: Сторона освобождается от уплаты неустойки (штрафа, пени), если докажет, что неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательства, предусмотренного контрактом, произошло вследствие непреодолимой силы или по вине другой Стороны. В какой срок можно оспорить начисление пеней? Можно ли оспорить пени после оплаты заказчиком суммы за вычетом пеней? Спасибо!