Что делать, если 16-летний сын не хочет учиться в колледже?

Да. комиссия по делам несовершеннолетних вас не оставит в покое и будут принматься меры к вам как родителям в первую очередь.

Закон об образовании в РФ

Требование обязательности среднего общего образования применительно к конкретному обучающемуся сохраняет силу до достижения им возраста восемнадцати лет, если соответствующее образование не было получено обучающимся ранее.

6. По согласию родителей (законных представителей) несовершеннолетнего обучающегося, комиссии по делам несовершеннолетних и защите их прав и органа местного самоуправления, осуществляющего управление в сфере образования, обучающийся, достигший возраста пятнадцати лет, может оставить общеобразовательную организацию до получения основного общего образования. Комиссия по делам несовершеннолетних и защите их прав совместно с родителями (законными представителями) несовершеннолетнего, оставившего общеобразовательную организацию до получения основного общего образования, и органом местного самоуправления, осуществляющим управление в сфере образования, не позднее чем в месячный срок принимает меры по продолжению освоения несовершеннолетним образовательной программы основного общего образования в иной форме обучения и с его согласия по трудоустройству.

Если вам необходима  персональная консультация по теме вашего вопроса, составления необходимых юридических документов: заявлений, жалоб, ходатайств и т.д. на платной основе. обращайтесь ко мне в чат