Олег Анатольевич, здравствуйте!
В Вашем случае обязанность уплаты налога не возникает в виду того, что срок владения имуществом исчисляется с момента владения первой долей в этом имуществе.
Об этом неоднократно заявляло министерство финансов РФ, в том числе и в своем письме:
Письмо Минфина РФ от 15 августа 2014 г. N 03-04-05/40976
Выдержка из письма:
В связи с этим моментом возникновения права собственности у участника общей совместной собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры и размеров их долей, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.
Учитывая изложенное, поскольку квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размеров долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы от продажи этой квартиры не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.