Анна, здравствуйте!
В данном случае указанное может свидетельствовать о нарушении бухгалтерского учета, но ни как на отсутствие гражданско-правовых отношений.
ГК РФ Статья 408. Прекращение обязательства исполнением
1. Надлежащее исполнение прекращает обязательство.
2. Кредитор, принимая исполнение, обязан по требованию должника выдать емурасписку в получении исполнения полностью или в соответствующей части.
Если должник выдал кредитору в удостоверение обязательства долговой документ, то кредитор, принимая исполнение, должен вернуть этот документ, а при невозможности возвращения указать на это в выдаваемой им расписке. Расписка может быть заменена надписью на возвращаемом долговом документе. Нахождение долгового документа у должника удостоверяет, пока не доказано иное, прекращение обязательства.
Как можете заметить, что пока не доказано иное акт — документальное подтверждение является действительным, а значит возникает обязательство по оплате. Здесь вопрос в сумме оплаты аренды.
Можно попробовать попытаться признать сделку недействительной. Тут нужно документы смотреть и анализировать обстоятельства, которые ранее произошли, было ли фактическое исполнение.