Добрый день!
Регистрация в качестве индивидуального предпринимателя осуществляется только по месту регистрации (прописки). При этом, деятельность ИП может осуществлять в любом регионе, но отчитываться по налогам и сборам придется в налоговой инспекции по месту своей регистрации (за исключением некоторых налогов).
В вашем случае можно оформить нотариальную доверенность на представителя для представления ваших интересов в налоговом органе и выслать её почтовым отправлением вместе с заверенными нотариально заявлением о государственной регистрации в качестве ИП (по установленной форме) и копией паспорта (первый лист+прописка).
Представитель по доверенности может оформить все юридически значимые действия за вас, получить свидетельство о постановке на учет, лист записи в ЕГРНИП, подать заявление на применение УСН (если потребуется) и выслать вам обратно документы почтовым отправлением.