Поскольку ваш сын постоянно проживает за пределами территории Российской Федерации и в Россию приезжает лишь на короткий промежуток времени, обязанности состоять на воинском учете у него нет.
Тем более воинский учет осуществляется военкоматом по месту жительства или временного пребывания, а поскольку у него нет в России места жительства его просто никто не поставит на учет.
По месту временного пребывания он может проживать без регистрации до 90 дней.
Если ваш сын не нарушает иное российское законодательство, проблем при пересечении границ у него не будет.