Замуж за гражданина Германии

Уважаемая Анна! В дополнение к мнениям уважаемых и профессиональных коллег, да и к Вашим уточнениям:

соглашение может составить любой юрист, в любом случае оно подлежит нотариальному удостоверению и приравнивается к исполнительному листу.

Возможно обращение и напрямую к нотариусу.

Присутствовать у нотариуса должна оба или их представители, имеющие должным образом оформленные доверенности.

В соглашении оговариваются многие моменты, в т.ч. касательно выезда ребенка за пределы России.

Здесь уже Ваша воля.

В решении как минимум должно быть указано, что спора по поводу того с кем находится ребенок не имеется. 

Что касается Ваших вопросов.

Соглашение о порядке осуществления прав отсутствующим родителем (юрист/нотариус/самостоятельно?)
Что указывается в этом соглашении?
При этом ведь должны присутствовать оба родителя, правильно?
Ограничением выезда ребенка является иск отца об установлении порядке осуществления прав отсутствующим родителем? 

1. Соглашение удостоверяется нотариусом. В нем указывается порядок общения, вплоть до телефонных звонков. Может быть определен период времени в течение которого это Соглашение действует и после истечения которого оно может быть пересмотрено. Вы можете Соглашение подготовить самостоятельно, можете с юристом, можете изложить Ваши договоренности нотариусу и он облечет ее в надлежащую форму.

2. Конечно присутствуют оба родителя.

3.Нет, ограничение это направление отцом заявления в погранслужбу о запрете выезда ребенка. Иск как таковой ограничением быть не может если только отец не потребует применения обеспечительных мер.

Ну и сама ситуация довольно специфическая. По общему правилу  для выезда на ПМЖ ребенка необходимо будет нотариальное согласие отца. Без него разрешение для выезда ребенку не дадут. Обойти это можно либо в случае лишения родительских прав, либо наличием решения суда о том, что ребенок остается с Вами и переезжает на жительство в Германию.

 Однако, если Вы выедете в Германию вместе с ребенком и  у Вас будет ВНЖ, то ребенок в соответствии с  параграфом 32 закона о  пребывании иностранцев в Германии будет считаться переехавшим законно. При этом в соответствии с пунктом 4 можно пробовать получить разрешение на проживание ребенка в связи с наличием исключительных обстоятельств — например Вы сможете убедить чиновника, что за ребенком некому кроме Вас присматривать и отец им не занимается и не содержит. https://www.gesetze-im-interne... В этом случае, если Вы с ребенком будете в Германии и разрешение на проживание будет получено, даже если решение Российского суда установит что ребенок должен жить с отцом в России, исполнить его будет нельзя в виду отсутствия между нашими странами договора о правовой помощи. Все остальное нужно будет выяснять исходя из законодательства той области Германии( Земли) где Вы будете проживать. 

Соглашение о порядке осуществления прав отсутствующим родителем (юрист/нотариус/самостоятельно?)

В Вашем случае либо у нотариуса, либо через суд при рассмотрении соответствующего иска