Будет ли взиматься НДС с продавца при наличии льготы, если покупатель оплатил за товар через банк?

Добрый день! Если льготник выставит счет-фактуру с НДС, то, естественно, он обязан будет уплатить НДС в бюджет и подать декларацию в электронном виде.

Здравствуйте, Юра. 

Если так сделать, то будет взиматься ндс с продавца или нет?

Если у продавца есть льгота на ндс, а покупатель оплатил за товар через банк с ндс, и говорит, чтобы составили торг-12 и счет фактуру с включением ндс. То в этом случае компания будет обязана заплатить налог. Внести денежные средства в бюджет придется и в том случае, если счет-фактура была ошибочно выставлена по данной операции.