Михаил, добрый день. Законодательного требования к подобного рода ситуациям, а именно к самим счетам, не установлено. То есть вы можете производить нумерацию, как вам удобно.
Что касается счетов-фактур, то согласно пп. 1 п. 5 ст. 169 НК РФ счет-фактура должен иметь порядковый номер. Он приводится в строке 1 (Правила заполнения счета-фактуры, утвержденные Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 (далее — Правила)). Как следует из Правил, налогоплательщик указывает порядковые номера в соответствии со своей индивидуальной хронологией составления счетов-фактур. Особенности нумерации (за исключением использования в определенных случаях разделительной черты) не предусмотрены ни Налоговым кодексом РФ, ни Правилами.
Удачи в разрешении сложившейся ситуации.
1. Могу я вести две отдельные номерации: 101/1, 102/1, 103/1 и тоже самое с "/2"?
2. Можно ли в счете использовать буквы? Латинские или русские?
Можно использовать буквы, цифры, символы. Можете вообще не нумеровать счета. Требования к нумерации счетов не установлены законодательством.