Добрый день, Юлия!
В иске налоговой отказали. Вы могли бы подать встречный иск о возврате излишне уплаченной суммы налога после проведения сверки, а теперь положение таково:
В соответствии с п. 8 ст. 78 НК РФ налогоплательщик вправе обратиться в налоговый орган за зачетом или возвратом излишне уплаченного налога в течение трех лет со дня уплаты налога. Налоговая отказала в возврате, учитывая это правило, в котором не применяются положения п.1 ст. 200 ГК РФ. Налоговая инспекция списывает излишне уплаченные суммы налога в случае истечения срока давности на подачу заявления о возврате налога, поэтому она не может произвести возврат
Однако, норма ст. 78 НК РФ не препятствует Вам обратиться в Арбитражный суд с иском к налоговому органу о возврате излишне уплаченного налога, при этом будет применяться трехгодичный срок исковой давности, который начинает течь со дня, когда Вы узнали или должны были узнать о нарушении своего права, как это прописано в п.1 ст. 200 НК РФ. Даже если срок истечет, Вы вправе будете ходатайствовать перед судом о его восстановлении и при наличии причин, которые суд сочтет уважительными, срок будет восстановлен.
Когда вы узнали о том, что не являетесь плательщиками НДС, вот тогда и должны были обратиться в налоговую с заявлением о возврате НДС — с этого момента будет исчисляться срок исковой давности судом.
