Как выйти из этой ситуации с наименьшими потерями?

Добрый Вам вечер.

Перейти на УСН в середине года имеет право только та организация, которая только что открылась. В этом случае стоит подать уведомление в течение 30 дней со дня постановки ООО на учет. Но такие сроки не являются пресекательными. Если организация обратится в уполномоченные структуры позже, ей не могут отказать в применении упрощенки. Инспектор не вправе принимать решение о подтверждении или отказе в использовании упрощенного режима. Во всех остальных случаях переход на упрощенную систему налогообложения возможен только с начала следующего налогового периода. 

Добрый вечер! Вы можете закрыть ИП и открыть заново, но уже своевременно подав Уведомление о переходе на УСН по форме 26.2-1. 

Или можете получить освобождение от уплаты НДС, если выручка за каждые 3 последовательные 3 месяца не будет превышать 2 млн. руб. В этом случае вы будете уплачивать только НДФЛ 13%.