Добрый день, Александр
Если речь идет о аукционе по 44-фз, то согласно ч. 18 ст. 34
При заключении контракта заказчик по согласованию с участником закупки, с которым заключается контракт, вправе увеличить количество поставляемого товара на сумму, не превышающую разницы между ценой контракта, предложенной таким участником, и начальной (максимальной) ценой контракта (ценой лота), если это право заказчика предусмотрено конкурсной документацией, документацией об аукционе. При этом цена единицы товара не должна превышать цену единицы товара, определяемую как частное от деления цены контракта, указанной в заявке на участие в конкурсе или предложенной участником аукциона, с которым заключается контракт, на количество товара, указанное в извещении о проведении конкурса или аукциона.
Т.о первое в чем надо убедиться, что такое право есть в документации.
Если такое право предусмотрено в документации, увеличить можно только на разницу между выигрышной ценой и НМЦ, расчет цены за единицу должен быть произведен согласно ч18 ст 34. Сложность в том, что в Вашем случае, если была одна заявка и не было аукциона, а значит заказчик должен заключить контракт по цене НМЦ (или по сниженной цене) на то количество товаров, на которое был произведен аукцион… те. пока нет разницы между НМЦ и выигрышной ценой
В части алгоритма, могу предложить:
вначале следует зафиксировать (например письмом участника), что участник предлагает снизить цену контракта, заказчик направляет победителю проект контракта по сниженной цене, победитель –направляет заказчику протокол разногласий с предложением увеличить количество товаров до суммы НМЦ. Однако надо понимать, что прямо такие действия 44-фз законом не предусмотрены (хотя и не нарушают его положения), и это может вызвать вопрос дотошных контролирующих органов.
В части можно ли увеличить количество только по некоторым позициям, закон – это прямо не регламентирует. Существует письмо Министерства экономического развития РФ от 14 июня 2016 г. N Д28и-1618, в котором указывается, что увеличение количества товаров возможно по любому виду товаров, если цена единицы товара определяется в соответствии с частью 18 статьей 34 Закона N 44-ФЗ.