Добрый вечер. В Вашей ситуации самый оптимальный и рациональный способ — связаться с работником и договориться. Трудовое законодательство защищает работника наилучшим образом. У него на руках договор. По Трудовому кодексу кроме оклада возможны и премии. То есть прокуратура, если жалоба не будет отозвана, проведет проверку, запросит у Вас документы (и у работника), выяснит объемы платежей в месяц, причины, почему доходы разнились, выяснит в налоговой, пенсионном фонде, ФСС, поступали ли платежи. Потом все, что недоплачено будет взыскана, на компанию и руководителя будет наложен административный штраф в зависимости от тяжести выявленного нарушения.
Но если не хотите договариваться с работником, когда придет запрос из прокуратуры, предоставляйте пояснения, что все выплачивали в полном объеме, разница в заработной плате зависела от финансовых показателей компании.