Как быть, если незаконен протокол уведомления об окончании следствия?

По идеи — объявление об окончании предварительного расследования — одно из следственных действий действий уведомительного характера. Таких немного, но они есть. Следователь может отдельно объявить обвиняемому и его адвокату об окончании следствия. Это бюрократическая процедура, но является обязательной.
Ст. 109 УПК регламентирует предельные сроки на период предварительного следствия. Если объявлено об окончании следствия до их истечения, то нормативные требования — выполнены. И да — следователь может обратиться в суд с ходатайством о продлении содержания под арестом на период проведения ст. 217 УПК.
Вот позиции Конституционного суда и Верховного суда:

Вместе с тем часть третья статьи 217 УПК Российской Федерации, регламентирующей процедуру ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами уголовного дела после производства по нему всех следственных действий, не допускает ограничение этих лиц во времени, необходимом им для такого ознакомления, кроме случая, когда обвиняемый и его защитник, приступившие к ознакомлению с материалами уголовного дела, явно затягивают время ознакомления и когда решение об окончании производства данного процессуального действия следователь вправе принять, если обвиняемый и его защитник не ознакомились с материалами уголовного дела в установленный судом срок без уважительных причин (Определение Конституционного Суда Российской Федерации от 17 июля 2012 года N 1454-О). Указанное законоположение корреспондирует статье 24 (часть 2) Конституции Российской Федерации, обязывающей органы государственной власти и их должностных лиц обеспечить каждому возможность ознакомления с документами и материалами, непосредственно затрагивающими его права и свободы, если иное не предусмотрено законом, а также статье 6 Конвенции о защите прав человека и основных свобод, закрепляющей право каждого обвиняемого в совершении преступления иметь достаточное время и возможности для подготовки своей защиты (подпункт «b» пункта 3 статьи 6).

С учетом этого предусматривается возможность продления срока содержания под стражей сверх установленных частями второй и третьей статьи 109 УПК Российской Федерации предельных сроков до момента завершения ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами оконченного расследованием уголовного дела и направления прокурором уголовного дела в суд — для случаев, когда данные материалы были предъявлены обвиняемому, содержащемуся под стражей, и его защитнику не позднее чем за 30 суток до окончания таких предельных сроков, однако для ознакомления с ними этого времени оказалось недостаточно. Если же в производстве по уголовному делу участвует несколько обвиняемых, содержащихся под стражей, и хотя бы одному из них 30 суток оказалось недостаточно для ознакомления с материалами уголовного дела, то следователь с согласия руководителя следственного органа по субъекту Российской Федерации или приравненного к нему руководителя иного следственного органа вправе не позднее чем за 7 суток до истечения предельного срока содержания под стражей возбудить ходатайство о продлении этого срока перед соответствующим судом и в отношении того обвиняемого или тех обвиняемых, которые ознакомились с материалами уголовного дела, если не отпала необходимость в применении к нему или к ним заключения под стражу и отсутствуют основания для избрания иной меры пресечения (части пятая и седьмая статьи 109 УПК Российской Федерации). Судья не позднее чем через 5 суток со дня получения ходатайства следователя принимает в установленном порядке решение либо о продлении срока содержания под стражей до момента окончания ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами уголовного дела, если таковое не может быть завершено в течение 30 суток, либо об отказе в удовлетворении ходатайства и освобождении обвиняемого из-под стражи (часть восьмая статьи 109 УПК Российской Федерации).

По смыслу приведенных законоположений, предельный срок пребывания обвиняемого под стражей на досудебной стадии производства по уголовным делам может быть продлен в связи с необходимостью обеспечения обвиняемому достаточного времени для завершения ознакомления с материалами дела по окончании предварительного расследования, притом что для решения вопроса о таком продлении на данном этапе движения уголовного дела требуется установление судом с участием заинтересованных сторон правовых и фактических обстоятельств, подтверждающих наличие как общих нормативных оснований для применения мер пресечения, предусмотренных статьями 97 и 99 УПК Российской Федерации, так и закрепленных в статьях 108 и 109 данного Кодекса специальных условий дальнейшего продления содержания под стражей как в пределах определенного законом максимального срока, так и с его превышением. Данный вывод неоднократно подтверждался решениями Конституционного Суда Российской Федерации с констатацией того, что права граждан не нарушаются законоположениями, которые не устанавливают конкретную продолжительность срока содержания обвиняемого под стражей в период его ознакомления с материалами уголовного дела, допуская возможность определения этого срока в зависимости от обстоятельств дела (определения от 6 июня 2003 года N 184-О, от 15 июля 2003 года N 308-О, от 23 апреля 2013 года N 548-О, от 22 апреля 2014 года N 877-О, от 7 октября 2014 года N 2162-О, от 23 июня 2015 года N 1519-О и др.).

В свою очередь, Пленум Верховного Суда Российской Федерации в постановлении от 19 декабря 2013 года N 41 «О практике применения судами законодательства о мерах пресечения в виде заключения под стражу, домашнего ареста и залога» разъяснил, что при рассмотрении ходатайства о продлении срока содержания под стражей в период ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами уголовного дела по окончании предварительного следствия суду следует проверять обоснованность доводов органов предварительного расследования о невозможности своевременного ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами дела по объективным причинам, выяснять, по каким причинам эти лица не ознакомились с материалами дела в полном объеме, устанавливать, не является ли данное обстоятельство результатом неэффективной организации процесса ознакомления с материалами дела и не связано ли оно с явным затягиванием времени обвиняемым и его защитником, а также соблюдена ли предусмотренная частью третьей статьи 217 УПК Российской Федерации процедура ознакомления с материалами дела; при этом необходимость ознакомления с материалами дела не может быть единственным и достаточным основанием для продления срока содержания под стражей как в отношении обвиняемого, не ознакомившегося с такими материалами, так и в отношении других обвиняемых по делу, полностью ознакомившихся с ними; каждое решение суда о продлении срока содержания обвиняемого под стражей должно обосновываться не одними лишь ссылками на продолжающееся ознакомление обвиняемого и его защитника с материалами дела, а фактическими данными, подтверждающими необходимость сохранения этой меры пресечения (пункт 23).