Вычет налога работодателем, если я работаю по ГПХ и у меня трое детей

Евгений, в соответствии с законодательством РФ у вас есть льгота по уплате НДФЛ, вернее вы вправе рассчитывать на необлагаемую сумму дохода (по 1400 рублей  на 1-го и 2-го ребёнка и 3 000 рублей на третьего). При заключении договора вы должны были это отразить в договоре,  в том случае если вы нигде больше не работаете и у вас не учитывается эта необлагаемая сумма. Работодатель сам не может применить данный вычет, потому что, это ваше право воспользоваться вычетом необлагаемой суммы при уплате налога, а не безусловная обязанность работодателя.

Евгений вам нужно посмотреть сам договор ГПХ. Если там написано, что работодатель (заказчик) удерживает 13% подоходного налога, то никуда не денешься, его действия законны. Здесь можно будет составить дополнительное соглашение к договору и исключить данный пункт. Однако, если этого пункта в договоре нет, то заказчик не должен этого делать, то есть удерживать налог. Тогда обязанность по уплате 13% НДФЛ ложиться на вас.