Здравствуйте, Светлана!
Действительно, специальных правил составления протокола разногласий не существует. Вы можете изложить свои замечания в свободной форме. Можете также иметь ввиду ч.4 ст.70 44-ФЗ:
4. Победитель электронного аукциона, с которым заключается контракт, в случае наличия разногласий по проекту контракта, размещенному в соответствии с частью 2 настоящей статьи, размещает в единой информационной системе протокол разногласий, подписанный усиленной электронной подписью лица, имеющего право действовать от имени победителя такого аукциона. При этом победитель такого аукциона, с которым заключается контракт, указывает в протоколе разногласий замечания к положениям проекта контракта, не соответствующим извещению о проведении такого аукциона, документации о нем и своей заявке на участие в таком аукционе, с указанием соответствующих положений данных документов.
Так и напишите, «направленный Вами проект контракта не соответствует проекту контракта, размещенному в составе документации. Просим направить проект контракта, соответствующий проведенной закупке».