Почему деятельное раскаяние и примирение сторон являются нереабилитирующими основаниями?

Да есть некоторое противоречие, которое вы правильно заметили.Но и с другой стороны вы не считаетесь судимым согласно той же Конституции, так как в отношении вас не выносился пригвор суда и не назначалось наказание. Если бы вы хотели соблюсти Конституции букву в букву то необходимо было идти до конца и доказывать свою невиноность и прекращения дела по реабилитирующим основаниям. Вы этого не сделали поэтому государство предложило вам компромисс  и вы на него согласились.

Статья 49 Конституции РФ 

1. Каждый обвиняемый в совершении преступления считается невиновным, пока его виновность не будет доказана в предусмотренном федеральным законом порядке и установлена вступившим в законную силу приговором суда.

2. Обвиняемый не обязан доказывать свою невиновность.

3. Неустранимые сомнения в виновности лица толкуются в пользу обвиняемого.

Владимир, с точки зрения уголовного права, данные основания являются не реабилитирующими, ведь они имеют место придоказанности причастности лица к совершению преступления, однако, государство идет навстречу лицу, которое совершает полезные действия. Так например, чтобы примириться с потерпевшим, одним из условия является полное погашение ущерба, а также признание вины. То есть в ваших противоправных действиях был состав преступления, вас признали виновным (что в данном случае не противоречит Конституции РФ), но наказания как такого вам назначено не было.