Облагаются ли налогами средства, полученные по договору цессии?

Можно конечно же немного порассуждать на тему...

Ряд поступлений «упрощенцы» не учитывают при расчете налога. К ним относятся: поступления, которые прямо названы в законе (ст. 251, п. 1.1 ст. 346.15 НК РФ), а также поступления, которые не являются доходами по своей сути, то есть не несут никакой экономической выгоды (Письма Минфина России от 13.03.2013 N 03-11-11/98, от 10.12.2009 N 03-11-09/393).
Рассматриваемое поступление в ст. 251, п. 1.1 ст. 346.15 НК РФ не поименовано.
В соответствии со ст. 41 НК РФ доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить, и определяемая в соответствии с гл. 23 «Налог на доходы физических лиц», 25 «Налог на прибыль организаций» НК РФ.
В целях гл. 25 НК РФ суммы, отраженные в составе доходов налогоплательщика, не подлежат повторному включению в состав его доходов (п. 3 ст. 248 НК РФ). В данной ситуации организация не получает какой-либо выгоды при (по сути) возмещении ей части денежных средств, утраченных в связи с отзывом лицензии банка, поэтому считать доходом сумму возмещения нет основания (утверждение спорное, т.к. это еще не факт, что средства утрачены, возможно средства могут быть удовлетворены из конкурсной массы). Вероятно, с суммы признанной выручки, находящейся на расчетном счете организации в момент отзыва лицензии банка, налог уже был уплачен.
В связи с вышеизложенным можно предположить, что в данной ситуации у организации не возникает дохода в целях применения норм гл. 26.2 НК РФ.
Также, отнесение данной суммы к внереализационным доходам также неправомерно, в том числе и по причине отсутствия у организации экономической выгоды (ст. 41 НК РФ).

Однако, по моему мнению это ну очень натянутая теория на грани фантастики.

В перечне доходов, не учитываемых при исчислении налога при применении УСН (пп. 1 п. 1.1 ст. 346.15, ст. 251 НК РФ), такие поступления не поименованы, соответственно есть очень большая вероятность возникновения претензий со стороны налоговых органов.

Если хотите узнать мнение компетентного чиновника профильного ведомства, тогда Вам стоит обратиться с официальным запросом в районную инспекцию, УФНС, ФНС либо Минфин (на выбор) для того, чтобы они дали свое заключение по данному вопросу (хоть их письмо и не будет являться нормативно-правовым актом, но такое разъяснение в случае чего будет иметь хоть какой-то вес).

Если будете писать запрос в компетентные органы, учитывайте следующие моменты:

— максимально подробно описывайте ситуацию и Ваш вопрос; 

— чем выше ведомство, тем скорее всего выше квалификация отвечающего специалиста и тем значимее такие разъяснения. Т.е. например, письмо УФНС имеет больший вес, чем разъяснение местной налоговой; письмо ФНС стоит выше письма УФНС. Минфин вообще ведомство обеспечивающее проведение единой финансовой политики, а также осуществляющее общее руководство в области организации финансов в Российской Федерации, но сотрудники налоговых органов могут и не применять его позицию, хотя конечно учитывать ее в работе они должны.

Если захотите я могу подготовить для Вас письмо в ведомство (в частности, выбору ответственное должностное лицо, на которое направить письмо), при желании могу и проводить контроль за подготовкой ответа на него (т.е. установлю контакт с непосредственным исполнителем по запросу и буду узнавать о стадии подготовки ответа на запрос) в федеральном ведомстве (за региональными контроль не осуществляю).