Добрый день. Если у вас ЕНВД или ПСН, то вы сможете получить вычет в сумме 18000 руб. только на одну ККМ, так как вторая зарегистрирована на ООО, а организации получить вычет не вправе.
Ст. 346.32 НК РФ:
2.2. Налогоплательщики — индивидуальные предприниматели вправе уменьшить сумму единого налога, исчисленную с учетом пункта 2.1 настоящей статьи, на сумму расходов по приобретению контрольно-кассовой техники, включенной в реестр контрольно-кассовой техники, для использования при осуществлении расчетов в ходе предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом, в размере не более 18 000 рублей на каждый экземпляр контрольно-кассовой техники при условии регистрации указанной контрольно-кассовой техники в налоговых органах с 1 февраля 2017 года до 1 июля 2019 года, если иное не предусмотрено абзацем вторым настоящего пункта.
Индивидуальные предприниматели, осуществляющие предпринимательскую деятельность, предусмотренную подпунктами 6 — 9 пункта 2 статьи 346.26 настоящего Кодекса, и имеющие работников, с которыми заключены трудовые договоры на дату регистрации контрольно-кассовой техники, в отношении которой производится уменьшение суммы налога, вправе уменьшить сумму единого налога на сумму расходов, указанную в абзаце первом настоящего пункта, при условии регистрации соответствующей контрольно-кассовой техники с 1 февраля 2017 года до 1 июля 2018 года.
Ст. 346.51 НК РФ:
1.1. Налогоплательщики вправе уменьшить сумму налога на сумму расходов по приобретению контрольно-кассовой техники, включенной в реестр контрольно-кассовой техники, для использования при осуществлении расчетов в ходе предпринимательской деятельности, в отношении которой применяется патентная система налогообложения, в размере не более 18 000 рублей на каждый экземпляр контрольно-кассовой техники при условии регистрации указанной контрольно-кассовой техники в налоговых органах с 1 февраля 2017 года до 1 июля 2019 года, если иное не предусмотрено абзацем вторым настоящего пункта.
Индивидуальные предприниматели, осуществляющие предпринимательскую деятельность, предусмотренную подпунктами 45 — 48 пункта 2 статьи 346.43 настоящего Кодекса, и имеющие работников, с которыми заключены трудовые договоры на дату регистрации контрольно-кассовой техники, в отношении которой производится уменьшение суммы налога, вправе уменьшить сумму налога на сумму расходов, указанную в абзаце первом настоящего пункта, при условии регистрации соответствующей контрольно-кассовой техники с 1 февраля 2017 года до 1 июля 2018 года.
И вторую ККМ вы должны были продать организации.