Что будет,если не платить пени с уже уплаченного транспортного налога?

Пеня на пеню не начисляется.

Порядок взыскания установлен ст. 48 Налогового кодекса Российской Федерации.

Заявление о взыскании подается в суд общей юрисдикции налоговым органом (таможенным органом) в течение шести месяцев со дня истечения срока исполнения требования об уплате налога, сбора, страховых взносов, пеней, штрафов, если иное не предусмотрено настоящим пунктом.
Если в течение трех лет со дня истечения срока исполнения самого раннего требования об уплате налога, сбора, страховых взносов, пеней, штрафов, учитываемого налоговым органом (таможенным органом) при расчете общей суммы налога, сбора, страховых взносов, пеней, штрафов, подлежащей взысканию с физического лица, такая сумма налогов, сборов, страховых взносов, пеней, штрафов превысила 3 000 рублей, налоговый орган (таможенный орган) обращается в суд с заявлением о взыскании в течение шести месяцев со дня, когда указанная сумма превысила 3 000 рублей.
Если в течение трех лет со дня истечения срока исполнения самого раннего требования об уплате налога, сбора, страховых взносов, пеней, штрафов, учитываемого налоговым органом (таможенным органом) при расчете общей суммы налога, сбора, страховых взносов, пеней, штрафов, подлежащей взысканию с физического лица, такая сумма налогов, сборов, страховых взносов, пеней, штрафов не превысила 3 000 рублей, налоговый орган (таможенный орган) обращается в суд с заявлением о взыскании в течение шести месяцев со дня истечения указанного трехлетнего срока.
Пропущенный по уважительной причине срок подачи заявления о взыскании может быть восстановлен судом.

По порядку взыскания, налоговая должна первоначально выставить требование об уплате задолженности и пени, после чего, в зависимости от суммы долга, обратится с заявлением о вынесении судебного приказа в суд общей юрисдикции.

В случае, если сроки на взыскание пройдут, то взыскать с Вас пеню уже не смогут.

В соответствии со ст. 59 НК РФ, безнадежными к взысканию признаются недоимка, задолженность по пеням и штрафам, числящиеся за отдельными налогоплательщиками, плательщиками сборов, плательщиками страховых взносов и налоговыми агентами, уплата и (или) взыскание которых оказались невозможными в случаях:
1) ликвидации организации в соответствии с законодательством Российской Федерации или законодательством иностранного государства, исключения юридического лица, прекратившего свою деятельность, из Единого государственного реестра юридических лиц по решению регистрирующего органа в случае вынесения судебным приставом-исполнителем постановления об окончании исполнительного производства в связи с возвратом взыскателю исполнительного документа по основаниям, предусмотренным пунктом 3 или 4 части 1 статьи 46 Федерального закона от 2 октября 2007 года N 229-ФЗ «Об исполнительном производстве», — в части недоимки, задолженности по пеням и штрафам, не погашенных по причине недостаточности имущества организации и (или) невозможности их погашения учредителями (участниками) указанной организации в пределах и порядке, которые установлены законодательством Российской Федерации;
2) признания банкротом индивидуального предпринимателя в соответствии с Федеральным законом от 26 октября 2002 года N 127-ФЗ «О несостоятельности (банкротстве)» — в части недоимки, задолженности по пеням и штрафам, не погашенных по причине недостаточности имущества должника;
2.1) признания банкротом гражданина в соответствии с Федеральным законом от 26 октября 2002 года N 127-ФЗ «О несостоятельности (банкротстве)» — в части недоимки, задолженности по пеням и штрафам, не погашенных по итогам завершения расчетов с кредиторами в соответствии с указанным Федеральным законом;
3) смерти физического лица или объявления его умершим в порядке, установленном гражданским процессуальным законодательством Российской Федерации, — по всем налогам, сборам, страховым взносам, а в части налогов, указанных в пункте 3 статьи 14 и статье 15 настоящего Кодекса, — в размере, превышающем стоимость его наследственного имущества, в том числе в случае перехода наследства в собственность Российской Федерации;
4) принятия судом акта, в соответствии с которым налоговый орган утрачивает возможность взыскания недоимки, задолженности по пеням и штрафам в связи с истечением установленного срока их взыскания, в том числе вынесения им определения об отказе в восстановлении пропущенного срока подачи заявления в суд о взыскании недоимки, задолженности по пеням и штрафам;
4.1) вынесения судебным приставом-исполнителем постановления об окончании исполнительного производства при возврате взыскателю исполнительного документа по основаниям, предусмотренным пунктами 3 и 4 части 1 статьи 46 Федерального закона от 2 октября 2007 года N 229-ФЗ «Об исполнительном производстве», если с даты образования недоимки и (или) задолженности по пеням и штрафам прошло более пяти лет, в следующих случаях:
ее размер не превышает размера требований к должнику, установленного законодательством Российской Федерации о несостоятельности (банкротстве) для возбуждения производства по делу о банкротстве;
судом возвращено заявление о признании должника банкротом или прекращено производство по делу о банкротстве в связи с отсутствием средств, достаточных для возмещения судебных расходов на проведение процедур, применяемых в деле о банкротстве;
(пп. 4.1 в ред. Федерального закона от 04.11.2014 N 347-ФЗ)
4.2) снятия с учета в налоговом органе иностранной организации в соответствии с пунктом 5.5 статьи 84 настоящего Кодекса;
5) в иных случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.

В Вашем случае, задолженность спишется после того как суд откажет налоговой во взыскании с Вас данной суммы в связи с истечением сроков или по иным основаниям.

Также списание может произойти по отдельном закону, которым недоимка по транспортному налогу, образовавшаяся по состоянию на определенную дату, вместе с пеней будет признана безнадежной.