Как подать в суд на банк, если мы не согласны с назначенными по кредиту штрафами?

Здравствуйте Вам для начала стоит подать заявление на реструктуризацию с просьбой перерасчета с приложением документов трудного положения. Нужно договор Ваш читать. Вы  не надлежаще исполняете условия кредитного договора стороны  несете ответственность в соответствии с действующим законодательством РФ и договором. Ответственность по кредитному договору может быть возложена как на заемщика, так и на кредитора. Заемщик несет ответственность перед кредитором за нарушение сроков возврата кредита, нецелевое использование кредита, утраты обеспечения своего обязательства, одностороннего отказа от договора кредита и т.д.; кредитор же привлекается к ответственности в случае немотивированного отказа от предоставления кредита и его несвоевременного представления заемщику, снижения (утрату) ценности обеспечения кредита и др.

Наряду с уплатой неустойки (процентов) виновная сторона должна полностью возместить другой стороне убытки, вызванные неисполнением или ненадлежащим исполнением кредитного договора. В целом ответственность кредитора и заемщика за неисполнение или ненадлежащее исполнение своих обязательств предусматривается общими положениями о гражданско-правовой ответственности за нарушение договорных обязательств. Такая ответственность закреплена в ст. 393 ГК РФ — возместить убытки и ст. 330, 394 ГК РФ — уплатить неустойку.
Поэтому в данном случае суд примет сторону банка. Вам стоит с банком попытаться мирно договориться. Если не получиться тогда в суде воспользоваться ст. 333 ГК РФ которая закрепляет право суда уменьшить размер неустойки в случае, если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства.