Можно ли использовать землю, если рядом находится скотомогильник?

Полагаю, что гарантий вам никто никаких не даст, так как круговорот воды в природе, и возможно заражение. 

Попробуйте письменно обратиться в компетентные органы, пусть они проведут анализы и дадут разрешение.

Правила

Ветеринарно-санитарные правила сбора, утилизации и уничтожения биологических отходов
(в ред. Приказа Минсельхоза РФ от 16.08.2007 N 400, с изм., внесенными Определением Верховного Суда РФ от 13.06.2006 N КАС06-193)

Часть 1

Общие положения

1.1. Ветеринарно-санитарные правила сбора, утилизации и уничтожения биологических отходов (именуемые в дальнейшем «Правила») являются обязательными для исполнения владельцами животных независимо от способа ведения хозяйства, а также организациями, предприятиями (в дальнейшем организациями) всех форм собственности, занимающимися производством, транспортировкой, заготовкой и переработкой продуктов и сырья животного происхождения.

1.2. Биологическими отходами являются:

трупы животных и птиц, в т.ч. лабораторных;
абортированные и мертворожденные плоды;
ветеринарные конфискаты (мясо, рыба, другая продукция животного происхождения), выявленные после ветеринарно-санитарной экспертизы на убойных пунктах, хладобойнях, в мясо-, рыбоперерабатывающих организациях, рынках, организациях торговли и др. объектах;
другие отходы, получаемые при переработке пищевого и непищевого сырья животного происхождения.
1.3. Владельцы животных, в срок не более суток с момента гибели животного, обнаружения абортированного или мертворожденного плода, обязаны известить об этом ветеринарного специалиста, который на месте, по результатам осмотра, определяет порядок утилизации или уничтожения биологических отходов.

1.4. Обязанность по доставке биологических отходов для переработки или захоронения (сжигания) возлагается на владельца (руководителя фермерского, личного, подсобного хозяйства, акционерного общества и т.д., службу коммунального хозяйства местной администрации).