Здравствуйте!
Согласно части 2 статьи 325 Трудового кодекса РФ федеральные государственные органы, государственные внебюджетные фонды Российской Федерации, федеральные государственные учреждения оплачивают работнику стоимость проезда к месту использования отпуска работника и обратно неработающим членам его семьи (мужу, жене, несовершеннолетним детям, фактически проживающим с работником).
То есть член семьи супруга должен быть неработающим.
Пунктом 8 Порядка компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в федеральных органах государственной власти (государственных органах) и федеральных государственных учреждениях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, и членов их семей (утв. Постановлением Правительства РФ от 12 июня 2008 г. № 455) определено, что к заявлению о компенсации расходов на проезд прикладывается копия трудовой книжки неработающего члена семьи.
То есть речь идет не о том, что член семьи не работает фактически, а о том, что член семьи не трудоустроен.
Жена, судя по всему, трудоустроена, если находится в отпуске по уходу за ребенком. Поэтому работодатель в таком случае прав.