Имеет ли право работодатель вычитать 13% подоходного налога с заработной платы?

Добрый день

Если вы работали по договору гражданско-правового характера, то с вознаграждения, выплачиваемого исполнителю по этому договору, организация должна исчислить, удержать и уплатить НДФЛ (п. 1, 2, 4, 6 ст. 226 НК РФ, Письмо Минфина от 26.05.2014 № 03-04-06/24982).

был составлен договор на 1 месяц(сентябрь) с работадателем, но второго экземпляра мне не дали, сказав, что в этом нет необходимости, я проработала полгода без продления договора и каждый месяц вычитали 13% с заработной платы, официально это или нет? и если нет, как мне вернуть все вычеты?

Добрый вечер! Поскольку вы работаете неофициально работодатель имеет право делать все, что ему угодно. Вернее вы не имеете никаких прав, предусмотренных ТК РФ. В силу изложенного у вас не получится вернуть никакие суммы, в том числе и заработную плату, если работодатель откажется ее выплачивать.

В соответствии с Налоговым кодексом Ваш работодатель является налоговым агентом и обязан уплачивать из Ваших доходов НДФЛ, в том числе по договору гражданско-правового характера.