Добрый день! Налоговая амнистия никак не связана с НДС. В вашем случае нужно руководствоваться сроком исковой давности — 3 года, поэтому НДС взысканию уже не подлежит.
НК РФ Статья 113. Срок давности привлечения к ответственности за совершение налогового правонарушения
1. Лицо не может быть привлечено к ответственности за совершение налогового правонарушения, если со дня его совершения либо со следующего дня после окончания налогового (расчетного) периода, в течение которого было совершено это правонарушение, и до момента вынесения решения о привлечении к ответственности истекли три года (срок давности).