Уважаемая, Татьяна! Скорей всего проблем быть не должно. С точки зрения налогового контроля, размер полученных доходов подтверждается соответствующими первичными документами (приходный кассовый ордер, банковские выписки о перечислении денежных средств), договора и другие первичные документы. Суммы дохода, если Вы предприниматель заносятся в Книгу учета доходов и расходов, если речь идет об ООО на соответствующих бухгалтерских счетах
Следовательно, факт внесения вами денежных средств на расчетный счет с указанием на то, что данные деньги являются выручкой, без подтверждения этого иными документами ничего не значит. Правда, я бы посоветовала подстраховаться какими-либо приказами, актами в которых указать на наличие такой ошибки.