Как работодатель узнает, что сотрудник нерезидент, если он сам не сообщит об этом?

Здравствуйте, Михаил!

В силу ст. 108 Налогового кодекса РФ:

6. Лицо считается невиновным в совершении налогового правонарушения, пока его виновность не будет доказана в предусмотренном федеральным законом порядке. Лицо, привлекаемое к ответственности, не обязано доказывать свою невиновность в совершении налогового правонарушения. Обязанность по доказыванию обстоятельств, свидетельствующих о факте налогового правонарушения и виновности лица в его совершении, возлагается на налоговые органы. Неустранимые сомнения в виновности лица, привлекаемого к ответственности, толкуются в пользу этого лица.

Поэтому если не будет доказано, что работодатель знал или должен был знать о том, что работник не является налоговым резидентом РФ (по причине того, что работник ему не сообщил об этом), то он не может быть привлечен к налоговой ответственности.