Подписана товарная накладная, а фактически товара нет

Здравствуйте. Подскажите как поступить в такой ситуации. Между нами и другой организацией заключен договор поставки. Кладовщик подписала товарную накладную на поступление продукции. Товар технически сложный и состоит из составных частей (порядка 50 позиций). Сейчас организация обратилась к нам оплатить поставленный товар. Фактически этот товар поставлен частично (порядка 10 позиций). Есть ли у нас возможность отстоять и доказать что товар поставлен не полностью, если кладовщик подписала товарную накладную и акт приема-передачи. Также судя по всему стоимость этого товара была завышена в 2 раза. Можно ли изменить стоимость по договору.