Доброго времени суток, Матвей!
Счет не является документом ни бухгалтерского ни налогового учета. Это даже не первичный документ. По своей сути — это реклама, или если угодно коммерческое предложение. Оплачивая его Вы соглашаетесь с указанной в нем ценой. Документом бухгалтерского учета является товарная накладная формы ТОРГ-12, документом налогового учета по НДС является счет-фактура (именно этот документ закреплен 21 главой НК РФ для исчисления НДС (НК РФ Статья 169. Счет-фактура) на ряду с другими регистрами учета данного налога, такими как книги покупок и книги продаж. )
В настоящее время функции ТОРГ-12 и счет фактуры могут быть объеденены в УПД (универсальный передаточный документ)
Вы имели полное право оплатить счет частично, на данную сумму Вам и были отгружены материалы.
с уважением