Нужно ли будет обязательно погасить долг в МФО?

Да желательно погасить долг, пока дело не дошло до суда. В том случае если у Вас набежали проценты и штрафы можно попытаться их снизить 

Долг погасить нужно. Но кредитную историю уже не поправишь. Там будет содержаться информация о Ваших просрочках. 

Федеральный закон от 30.12.2004 N 218-ФЗ (ред. от 03.07.2016) «О кредитных историях»Статья 8. Права субъекта кредитной истории

2. Субъект кредитной истории вправе в каждом бюро кредитных историй, в котором хранится кредитная история о нем, один раз в год бесплатно и любое количество раз за плату без указания причин получить кредитный отчет по своей кредитной истории, в том числе с накопленной в соответствии с настоящим Федеральным законом информацией об источниках формирования кредитной истории и о пользователях кредитной истории, которым выдавались кредитные отчеты.
3. Субъект кредитной истории вправе полностью или частично оспорить информацию, содержащуюся в его кредитной истории, подав в бюро кредитных историй, в котором хранится указанная кредитная история, заявление о внесении изменений и (или) дополнений в эту кредитную историю.

МФО  осуществляют свою деятельность в соответствии с законом и обязательно сотрудничают с БКИ (бюро кредитных историй). Платить, конечно. Но запись в КИ останется как есть (с информацией о просроке). А иначе, какой смысл в такой кредитной истории? Истории у всех — разные.