Что можно сделать в данном случае, каким законом руководствоваться и куда обращаться?

Мария, идет у вашего супруга льготное исчисление общей продолжительности военной службы или нет не имеет значения. В течение календарного года ему положен отпуск за соответствующий год, т.е. в 2017 за 2017.

Но, если отпуск не будет предоставлен в текущем году, то его должны будут предоставить до конца 2018 года. Здесь в его предоставлении уже отказать не могут, но при этом командир части решит, идти военнослужащему в отпуск, например, в июле по его рапорту или отправить в сентябре без рапорта.

ст. 29 Положение о порядке прохождения военной службы (утв. Указом Президента РФ от 16 сентября 1999 г. № 1237)

14. В случаях, когда основной отпуск и (или) дополнительные отпуска, предусмотренные подпунктами «б» и «г» пункта 15 статьи 31 настоящего Положения, не были предоставлены военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, в текущем календарном году в связи с его болезнью или другими исключительными обстоятельствами, допускается перенос основного и (или) дополнительных отпусков на следующий календарный год с учетом времени проезда к месту использования отпуска и обратно. При переносе основного и (или) дополнительных отпусков на следующий календарный год они должны быть использованы до его окончания.

Марина, здравствуйте!

Военнослужащие, поступившие на военную службу по контракту, обязаны пройти интенсивную общевойсковую подготовку с прохождением «курса выживания» продолжительностью 6 недель. Кто данную подготовку не прошел, тот подлежит увольнению. Эту подготовку проходят даже женщины. 

Насколько я понял из вашего вопроса, командование воинской части вначале планировало, что ваш супруг будет проходить эту интенсивную общевойсковую подготовку на базе учебного центра в Сертолово, но данный курс он пройти не смог (завалил).

Теперь перед командованием стоит вопрос — или увольнять вашего мужа, или дать ему еще одну возможность пройти «курс выживания» в Хабаровском крае. Именно этим вызвано то обстоятельство, что вашего гражданского мужа посылают в Хабаровский край. Это не наказание, а предусмотренная руководящими документами Минобороны России обязанность военнослужащих пройти курс интенсивной общевойсковой подготовки. 

Если ваш супруг все же считает, что его права нарушены, то он даже находясь в наряде может подать жалобу в органы военной прокуратуры через интернет-портала Главной военной прокуратуры, ссылка здесь:

http://gvp.gov.ru/recept/

Данную жалобу он также может подать по телефону дежурному по военной прокуратуре гарнизона, телефоны прокуратур здесь:

http://gvp.gov.ru/struct/vpo/m...

Теперь относительно предоставления отпуска. Только определенные категории военнослужащих вправе уходить в отпуск, когда им захочется. К этим категориям военнослужащих относятся: 

а) ветераны Великой Отечественной войны;

б) ветераны боевых действий;

в) военнослужащие — «чернобыльцы»;

г) военнослужащие, имеющим ребенка-инвалида до 16 лет;

д) одинокие военнослужащие, воспитывающие ребенка в возрасте до 14 лет;

е) военнослужащие, награжденные знаком «Почетный донор России»;

ж) военнослужащие, имеющие трех и более детей в возрасте до 16 лет.

Остальным военнослужащим командование предоставляет отпуска в любое время года с учетом необходимости чередования периодов их использования, а также обеспечения боевой готовности воинской части. В принципе, законодательство предусматривает даже возможность возможность переноса основного отпуска военнослужащего на следующий календарный год. 

В общевоинских уставах сказано, приказ командира (начальника) должен быть выполнен беспрекословно, точно и в срок. Военнослужащий, получив приказ, отвечает: «Есть» — и затем выполняет его. Выполнив приказ, военнослужащий, несогласный с приказом, может его обжаловать.

http://www.consultant.ru/docum...

Поэтому ваш гражданский супруг обязан выполнить приказ командования об убытии в Хабаровск. Даже обращение в органы военной прокуратуры не приостанавливает действие приказа.

Если ваш гражданский супруг откажется убыть в Хабаровск, то скорее всего это будет расценено как грубый дисциплинарный проступок (уклонение от исполнения обязанностей военной службы) и с учетом того, что он не прошел курс выживания, его уволят с военной службы.