Каковы последствия для второго учредителя ООО?

Добрый день. Ваш вопрос имеет не совсем юридический характер. Чтобы не получить партнера, который потенциально может стать проблемой — нужно просто не вводить данное лицо в состав участников общества. При этом права участника общества в отношении самого общества весьма ограничены. Участники как правило делами общества не занимаются — это работа исполнительных органов (генеральный директор и т.д.). Участники лишь принимают участие в назначении директора, проводят общее собрание (годовое и т.д.), принимают решение о выплате или невыплате дивидендов и т.д. Как именно она себя поведет получив долю в уставном капитале общества сказать сложно: может будет работать гораздо лучше, может ничего не изменится и все будет по-прежнему, а может наоборот — станет просто неуправляемой и будет саботировать Ваши решения вплоть до создания препятствий в работе общества. Если желание и необходимость вводить ее в общество отсутствует, то и делать этого не следует.

Партнерство в предприятии, предпринимательской деятельности (в юридическом смысли)  может быть оформлено или как соучредительство, или договором (например, о сотрудничестве, простого товарищества и т.п.).

Если остановитесь на варианте соучредительства, целесообразно оставить у себя 50,1%. Еще можно заключить соглашение о продаже вашей подруге 49,9% с условием, что в следующий, например, год, она должна строго выполнять свои обязанности, иначе — соглашение расторгается, доля в компании возвращается к Вам.

Или можно сделать соглашение о сотрудничестве (партнерстве). В любом случае, с Вашей стороны такое закрепление устных договоренностей будет расценено Вашей подругой как честное и порядочное поведение, а де-факто больших прав это ей не прибавит, и Вашу безопасность под угрозу не поставит. 

Я сталкивался с подобными делами, могу составить проект подобных договоров, и провести переговоры с Вашей подругой. Обращайтесь.