Добрый день!
Договор заключается с юридическим лицом. Филиалы статусом юридических лиц не обладают и следовательно не могут быть стороной в договоре.
Директор филиала должен иметь доверенность на право совершения сделок, заключения договоров от имени юридического лица или это должно быть закреплено в положении о филиале.
Если у директора Ивановского филиала была доверенность, то значит Вы заключили договор с юридическим лицом. Наиболее целесообразно в таком случае не менять указания на директора филиала, который действовал от юридического лица по доверенности, а поменять платежные реквизиты, так как они разные у двух филиалов.
Статья 55 ГК РФ. Представительства и филиалы юридического лица
1. Представительством является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения, которое представляет интересы юридического лица и осуществляет их защиту.
2. Филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства.
3. Представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.
Руководители представительств и филиалов назначаются юридическим лицом и действуют на основании его доверенности.
Представительства и филиалы должны быть указаны в едином государственном реестре юридических лиц.