Что делать, если у сына по мед показаниям отсрочка, а врач военкомата не смотрит на этот факт?

Дело в том, что требования к призывникам по медицинским показаниям изложены в приказе МО РФ. 

Признавая сына годным к военной службе. врач исходил из перечня болезней, которые препятствуют прохождения службы. 

Поэтому можно посоветовать обратиться с заявлением к военкому с просьбой перенести призыв на следующий год. В крайнем случае можно обратиться в суд на решение призывной комиссии. 

Пока обратитесь с заявлением в суд, пока рассмотрят, то и призыв подойдет к концу. 

Суд может пойти Вам навстречу и дать расширительное толкование медицинских ограничений для службы в армии. Вероятность невысокая, но есть.   

Обжаловать решение.

Постановление Правительства РФ от 04.07.2013 N 565 (ред. от 30.03.2017) «Об утверждении Положения о военно-врачебной экспертизе»

8. Гражданин может обжаловать вынесенное военно-врачебной комиссией в отношении его заключение в вышестоящую военно-врачебную комиссию или в суд.
По решению вышестоящей военно-врачебной комиссии гражданин может быть направлен на контрольное обследование и повторное освидетельствование.
Заключение военно-врачебной комиссии о категории годности к военной службе (приравненной службе), о годности к обучению (военной службе) по конкретной военно-учетной специальности, обучению (службе) по специальности в соответствии с занимаемой должностью действительно в течение года с даты освидетельствования, если иное не определено в этом заключении. Повторное либо очередное заключение военно-врачебной комиссии отменяет предыдущее (за исключением заключения военно-врачебной комиссии о временной негодности к военной службе (приравненной службе) и причинной связи увечий, заболеваний).
Контрольное обследование и повторное освидетельствование гражданина ранее установленного срока могут проводиться по его заявлению (заявлению его законного представителя) или по решению военно-врачебной комиссии, если в состоянии его здоровья произошли изменения, дающие основания для пересмотра заключения военно-врачебной комиссии, либо по решению военно-врачебной комиссии в случае выявления нарушений порядка освидетельствования, повлиявших на заключение военно-врачебной комиссии, а также для проверки обоснованности заключения подчиненной военно-врачебной комиссии. При этом вышестоящая военно-врачебная комиссия, принявшая решение о контрольном обследовании и повторном освидетельствовании гражданина, отменяет ранее вынесенное в отношении гражданина заключение военно-врачебной комиссии.
При несогласии гражданина с заключением военно-врачебной комиссии, а также с результатом освидетельствования, проведенного в рамках работы призывной комиссии или комиссии по постановке граждан на воинский учет, гражданин имеет право на производство независимой военно-врачебной экспертизы в порядке, установленном Положением о независимой военно-врачебной экспертизе, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 28 июля 2008 г. N 574.