Как должны оплачиваться выходы на работу не в свою смену?

Вам работодателем определен режим работы 3/3. Это определенный и законный режим Вашей работы. 

При невыходе на работу в эти дни, имеет место прогул.

Работа за пределами этого графика может иметь место по соглашению сторон. Т.е. Вам предложили заменить кого-то. Вы согласились.

В соответствии с нормами Трудового кодекса РФ Вы вправе отказаться от подмены, без объяснения причин, ссылаясь, что на то, что это не ваша смена

Статья 100. Режим рабочего времени

 Режим рабочего времени должен предусматривать продолжительность рабочей недели (пятидневная с двумя выходными днями, шестидневная с одним выходным днем, рабочая неделя с предоставлением выходных дней по скользящему графику, неполная рабочая неделя), работу с ненормированным рабочим днем для отдельных категорий работников, продолжительность ежедневной работы (смены), в том числе неполного рабочего дня (смены), время начала и окончания работы, время перерывов в работе, число смен в сутки, чередование рабочих и нерабочих дней, которые устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективным договором, соглашениями, а для работников, режим рабочего времени которых отличается от общих правил, установленных у данного работодателя, — трудовым договором.

Статья 113 Трудового кодекса РФ про согласие работника

Привлечение работников к работе в выходные и нерабочие праздничные дни производится с их письменного согласия в случае необходимости выполнения заранее непредвиденных работ, от срочного выполнения которых зависит в дальнейшем нормальная работа организации в целом или ее отдельных структурных подразделений, индивидуального предпринимателя.