Здравствуйте!
да, нужно поскольку Яндекс.касса не выступает ни платежным, ни банковским платежным агентом (насколько знаю это прямо у них указано), за исключением ситуации, когда Вы оказываете услуги населению или по ранее действовавшей редакции №54-ФЗ имели право ее не применять.
8. Организации и индивидуальные предприниматели, выполняющие работы, оказывающие услуги населению, вправе не применять контрольно-кассовую технику при условии выдачи ими соответствующих бланков строгой отчетности в порядке, установленном Федеральным законом от 22 мая 2003 года N 54-ФЗ «О применении контрольно-кассовой техники при осуществлении наличных денежных расчетов и (или) расчетов с использованием электронных средств платежа» (в редакции, действовавшей до дня вступления в силу настоящего Федерального закона), до 1 июля 2018 года.
9. В случае, если организации или индивидуальные предприниматели в соответствии с Федеральным законом от 22 мая 2003 года N 54-ФЗ «О применении контрольно-кассовой техники при осуществлении наличных денежных расчетов и (или) расчетов с использованием электронных средств платежа» (в редакции, действовавшей до дня вступления в силу настоящего Федерального закона) вправе не применять контрольно-кассовую технику, такое право сохраняется за ними до 1 июля 2018 года.