Работодатель вправе просто запретить курение на работе. Такое право ему дают положения пункта 1 статьи 10 Федерального закона № 15-ФЗ.
Организация мест для курения на работе (оборудованных в соответствии с требованиями п. 2 ст. 12 Федерального закона от 23 февраля 2013 г. № 15-ФЗ) – это право, а не обязанность работодателя, его добрая воля.
Так как для того чтобы покурить работникам приходится покидать свои рабочие места — в это время они априори не могут исполнять трудовые обязанности,а курение не относится к числу уважительных причин. Поэтому формально ничто не мешает работодателю привлекать курильщика к дисциплинарной ответственности каждый раз (!), когда тот выйдет покурить (за исключением обеденного перерыва). А при «накоплении» трех и более приказов о дисциплинарном взыскании «в активе» у работника, пункт 5 части 1 статьи 81 Трудового кодекса разрешает его уволить.
А вот увеличивать в одностороннем порядке без согласования с работников продолжительность рабочего времени (по сути — менять условия трудового договора) работодатель не имеет права.