Куда лучше обратиться, если отправил предоплату за товар перевозчику на банковский счет?

Доброго времени суток, Сергей!

В Вашей ситуации видится мошенничество, но прежде чем что то рекомендовать конкретное лучше бы изучить ситуацию поподробнее. 

А так можно написать заявление в полицию;

или обратиться в суд за взысканием неосновательного обогащения.

так согласно ГК РФ 1102

1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.
2. Правила, предусмотренные настоящей главой, применяются независимо от того, явилось ли неосновательное обогащение результатом поведения приобретателя имущества, самого потерпевшего, третьих лиц или произошло помимо их воли.

С Уважением В.Г. Бровченко