Как внести изменения по системе налогообложения после сдачи документов на регистрацию ИП?

Вам ничего делать не нужно, УФМС обязаны сообщить сведения в налоговую.

Изменения в сведениях об индивидуальных предпринимателях подлежат учету налоговым органом по месту их жительства на основании сведений, сообщаемых органами, указанными в ст. 85 НК РФ (п. 3 ст. 84 НК РФ). Так, п. 3 ст. 85 НК РФ, в частности, установлено: органы, осуществляющие регистрацию физических лиц по месту жительства (месту пребывания), обязаны сообщать в налоговые органы о фактах регистрации физического лица по месту жительства в течение 10 дней после дня регистрации названных лиц.
В соответствии с п. 4 ст. 5 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» в случае изменения паспортных данных и сведений о месте жительства индивидуального предпринимателя регистрирующий орган обеспечивает внесение указанных сведений в ЕГРИП на основании имеющихся у него сведений о паспортных данных и местах жительства физических лиц, полученных от органов, осуществляющих выдачу или замену документов, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации, либо регистрацию физических лиц по месту жительства в установленном НК РФ порядке не позднее пяти рабочих дней со дня их получения.

Добрый вечер! Когда вы зарегистрировали ИП? Уведомление о переходе на УСН подавали сразу в ИФНС № 46?