Добрый день, Ирина
поскольку у Вас заключен контракт в рамках ФЗ № 44-фз, нужно ориентироваться не только на нормы ГК, но и на нормы ФЗ №44-фз
заключение контракта по п.4 ст. 93 предполагает для заказчика большую свободу действий, чем при заключении контракта по результатам конкурентных процедур.
Поэтому отчитываться об его исполнении на ЕИС не надо.
Однако существуют письма МЭР и Минфина, которые ссылаясь на ст 34 и ст.95 (цена контракта является твердой и определяется на весь срок действия договора), указывают о невозможности заключения доп.соглашений об изменении условий.
Я бы порекомендовала заключить соглашение о расторжении, указав сумму исполненных обязательств, а в части оплаты указать: обязательства по договору прекращаются, за исключением обязательства по оплате.
на будущее: или считайте сроки действия контракта с запасом на оплату или пишите «а по обязательствам по оплате -до исполнения...»
Т.е. достаточно будет сделать доп.соглашение на изменение цены контракта в меньшую сторону без изменения объемов работ