Можем ли мы продлить полномочия генерального директора собранием учредителей?

Здравствуйте, Анастасия. 

Продлить полномочия генерального директора решением собрания учредителей Вы имеете право, независимо от того какой трудовой договор заключен с директором. Что касается оформления трудовых отношений с директором, то Вы вправе, но не обязаны были заключать с ним срочный трудовой договор.

ст. 59 ТК РФ По соглашению сторон срочный трудовой договор может заключаться:
с руководителями, заместителями руководителей и главными бухгалтерами организаций, независимо от их организационно-правовых форм и форм собственности;

Если с директором заключен срочный трудовой договор, то Вы вправе доп соглашением продлить этот договор на неопределенный срок или продлить срок срочного трудового договора.

Добрый день Анастасия . 

Если с генеральным директором был заключен срочный трудовой договор, срок которого истекает вместе со сроком полномочий.

Уполномоченный орган может продлить срок полномочий генерального директора до истечения срока трудового договора (и срока полномочий).

В этом случае организация может пойти двумя путями:

оформить увольнение директора в связи с истечением срока действия трудового договора (ч. 1 ст. 79 ТК РФ), а затем принять его на работу по новому трудовому договору;
Однако придется произвести полный расчет и внести в трудовую книжку соответствующие записи. Это значит, что директору необходимо выплатить зарплату за отработанное время, компенсацию за неотгулянный отпуск и прочие выплаты, которые могут быть предусмотрены трудовым договором.
не оформлять увольнение и новый прием на работу и не вносить ничего в трудовой договор дополнительно.
Из ч. 4 ст. 58 ТК РФ следует, что если ни одна из сторон не потребовала расторжения срочного трудового договора в связи с истечением срока его действия, то он автоматически пролонгируется. Поэтому если общее собрание учредителей продлило полномочия генерального директора, организация может не оформлять прекращение срочного трудового договора. 
В этом случае срочный трудовой договор автоматически станет бессрочным. Оформлять какие-либо иные дополнительные документы не потребуется.
Заметим, что срок трудового договора нельзя продлить заключением дополнительного соглашения. Связано это с тем, что истечение срока трудового договора является основанием для увольнения работника. Вместе с тем не допускается многократное заключение с работником срочных трудовых договоров.

Если общее собрание участников (единственный участник) решило продлить полномочия генерального директора после окончания срока его трудового договора, не рекомендуем увольнять руководителя.

Дело в том, что полномочия руководителя прекратятся только с принятием решения о продлении или прекращении полномочий. Пока такое решение не принято, директор по-прежнему остается единоличным исполнительным органом общества.

Если организация расторгнет с гендиректором срочный трудовой договор, то заключить новый она сможет только после принятия соответствующего решения уполномоченным органом. Может получиться так, что директор будет работать без оформления, а это – прямое нарушение трудового законодательства.

Относительно уведомления налогового органа сообщаем следующее.

Уведомлять налоговый орган необходимо только в случае, если генеральный директор сменился. Сделать это нужно в течение трех рабочих дней со дня принятия соответствующего решения. 

Поскольку в вашем случае смены генерального директора не произошло, уведомлять налоговый орган о продлении полномочий действующего директора не требуется.