Каковы последствия для руководителя при неправильно оформленной трудовой книжке?

Здравствуйте, Галина!

Вы спрашиваете:

Каковы последствия для руководителя при неправильно оформленной трудовой книжке?

Вопрос Ваш не очень понятен. Если в по срочному трудовому договору конкретный  срок трудовых отношений не был указан, значит, следовало исходить из того, что работник принят на работу бессрочно и потому увольнять его в соответствии со ст. 79 ТК РФ нельзя было. Далее, если Вы все-таки его уволили, руководствуясь ст. 79 ТК РФ, а соглашения между Вами об увольнении не было, у работника есть основание требовать восстановления на работе. Если сами откажете ему, он вправе будете это требовать в судебном порядке. Примерно также возможно решение вопроса и с выплатой за вынужденный прогул.  

Далее спрашиваете:

Как быть? работаю руководителем полгода, и вот на что налетела.

Вы даже не пишете, руководителем какой организации (ООО, ОАО, ПАО и т.д.) или структурного подразделения организации Вы работаете (хотя это большого значения не имеет). Неужели считаете это каким-то секретом? Если Вы руководитель организации (предприятия), нужно не игнорировать действующие нормы права, изучать их прежде, чем принимать решение. К нам обращается масса людей с просьбами: как правильно составить трудовой договор, как правильно написать приказ об увольнении, как правильно сделать запись в трудовой книжке увольняемого работника и пр.пр. Вам также нужно вначале узнать, как правильно (по закону) поступить, чтобы не «налететь» на такие неприятности. Должен Вам сказать, что Трудовой кодекс РФ в целом сформулирован в пользу работника, нежели работодателя. Поэтому надо действовать осмотрительно.