Обязана ли мне организация оплачивать учебный отпуск?

Здравствуйте, Кирилл.

Исходя из нормы 

8. Обучение по следующим образовательным программам высшего образования является получением второго или последующего высшего образования:
1) по программам бакалавриата или программам специалитета — лицами, имеющими диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра;
2) по программам магистратуры — лицами, имеющими диплом специалиста или диплом магистра;
3) по программам ординатуры или программам ассистентуры-стажировки — лицами, имеющими диплом об окончании ординатуры или диплом об окончании ассистентуры-стажировки;
4) по программам подготовки научно-педагогических кадров — лицами, имеющими диплом об окончании аспирантуры (адъюнктуры) или диплом кандидата наук.
ст. 69, Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «Об образовании в Российской Федерации» {КонсультантПлюс}

ваше обучение в магистратуре не является получением второго высшего образования, следовательно, вам полагаются все те же гарантии и компенсации, как и при получении образования уровня бакалавра

Условием предоставления соответствующих гарантий и компенсаций является получение образования соответствующего уровня впервые (ст. 177 ТК РФ).

Исходя из закона об образовании, бакалавриат и магистратура — разные уровни образования.

5. В Российской Федерации устанавливаются следующие уровни профессионального образования:
1) среднее профессиональное образование;
2) высшее образование — бакалавриат;
3) высшее образование — специалитет, магистратура;
4) высшее образование — подготовка кадров высшей квалификации.
ст. 10, Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «Об образовании в Российской Федерации» {КонсультантПлюс}