Здравствуйте. Немного судебной практики по Вашему вопросу.
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 19.09.2012 по делу N А56-29409/2011.
Удовлетворяя заявленные требования, арбитражный суд указал, что расположение объекта капитального строительства на нескольких земельных участках также не лишает данный объект признаков, по которым он относится к объектам, подлежащим государственному учету. Установленный порядок присвоения первичным объектам недвижимости кадастровых номеров не может рассматриваться как основание для отказа в государственном учете объекта, находящегося на нескольких земельных участках, в силу ст. 35 ЗК РФ.
В Постановлении Третьего арбитражного апелляционного суда от 23 октября 2012 г. и в Постановлении ФАС Восточно-Сибирского округа от 26 февраля 2013 г. по делу N А33-4596/2012 судебные инстанции подтвердили допустимость строительства каждого из многоквартирных жилых домов на нескольких смежных земельных участках.
«Градостроительный кодекс Российской Федерации не содержит ни одной нормы, прямо запрещающей или ограничивающей возможность строительства одного объекта капитального строительства на двух и более земельных участках, кроме того, не содержит такого основания для отказа в выдаче разрешения на строительство как строительство проектируемого объекта на двух и более смежных земельных участках».
ФАС Северо-Западного округа в Постановлении от 8 октября 2009 г. по делу N А56-54913/2008 подтвердил правомерность и допустимость государственного кадастрового учета здания, находящегося в границах двух земельных участков.
Так что, строить можно и зарегистрировать должны.
Дополнение:
Таким образом, отказ будет неправомерным.
С уважением, Екатерина Довгопол.