Здравствуйте, Ольга.
Во-первых, встречный иск на то и встречный, что он подается в тот же суд, куда подан первоначальный иск и принят к производству судом. Если против вас иск подан в суд общей юрисдикции, то и встречный иск подается туда же.
Во-вторых, не всегда то обстоятельство, что гражданин является ИП, имеет значение для определения подведомственности. Спор должен быть экономическим, истекающим из предпринимательской деятельности.
Как усматривается в вашем вопросе спор идет о правомерности перевода помещения из жилого фонда в нежилой, что не является экономическим спором.