Нелля, добрый день!
Согласно п. 11 Положения о государственной санитарно-эпидемиологической службе Российской Федерации (утв. постановлением Правительства РФ от 24 июля 2000 г. N 554) нормативные правовые акты, касающиеся вопросов обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения, принимаемые федеральными органами исполнительной власти, государственные стандарты, строительные нормы и правила, правила охраны труда, ветеринарные и фитосанитарные правила не должны противоречить санитарным правилам.
Таким образом, при возникновении коллизии между Приказом Минобрнауки и СанПиН применению подлежит СанПиН.