Игорь, добрый день!
Реабилитация и временная нетрудоспособность (больничный) — это разные вещи. Пациент может проходить курс реабилитации, но при этом быть полностью трудоспособным.
Согласно ст. 59 ФЗ от 21.11.2011 N 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» и Приказа Минздравсоцразвития России от 29.06.2011 N 624н «Об утверждении Порядка выдачи листков нетрудоспособности» экспертиза временной нетрудоспособности и выдача листков нетрудоспособности в большинстве случаев проводится лечащим врачем.
При этом врачи обычно руководствуются Письмом ФСС РФ от 01.09.2000 N 02-18/10-5766 «Об ориентировочных сроках временной нетрудоспособности при наиболее распространенных заболеваниях и травмах»
Если Вы не согласны с заключением врача, то для начала обратитесь с претензией на имя руководителя медицинского учреждения. Также можно обратиться в страховую компанию, выдавшую полис ОМС.