Должны ли мы оплачивать долг, который сформировался по вине счето образующей организации

Исходя из описанной вами ситуации, можно сказать, что у организации произошел некий технический сбой, и вам не доставляли счета. Поэтому вы вправе требовать о списании с вас пени. Поскольку обязанность по своевременному выставлению счетов лежит на рассматриваемой организации, и свою обязанность она не выполнила. Рекомендую вам написать претензию, в случае отказа обратиться в суд. Однако по вопросу оплаты задолженности считаю, что вы не можете по указанной причине быть освобождены от долга.